Kmeny bakterií
Kmen (phylum) je nejvyšší taxonomická jednotka pod doménou; u bakterií se dnes vyčleňuje kolem čtyřiceti kmenů a s rozvojem sekvenování z prostředí přibývají další, známé jen z DNA. V roce 2021 přijal Mezinárodní kodex nomenklatury prokaryot pravidlo, že názvy kmenů musí být odvozeny od typového rodu a končit příponou -ota. Řada zavedených jmen se proto změnila; starší názvy se však stále běžně používají, uvádíme obě podoby.
Přehled kmenů bakterií
| Platný název (2021) | Dřívější název | Zástupci a význam |
|---|---|---|
| Pseudomonadota | Proteobacteria (proteobakterie) | Největší kmen G− bakterií: Escherichia, Salmonella, Yersinia, Vibrio, Pseudomonas, Helicobacter, Neisseria, Rickettsia, hlízkové bakterie |
| Bacillota | Firmicutes | G+ s nízkým obsahem GC: Bacillus, Clostridium, Staphylococcus, Streptococcus, Lactobacillus, Listeria |
| Actinomycetota | Actinobacteria (aktinobakterie) | G+ s vysokým obsahem GC: Mycobacterium, Corynebacterium, Streptomyces (antibiotika), Bifidobacterium |
| Bacteroidota | Bacteroidetes | Bacteroides, Prevotella – hlavní obyvatelé střeva |
| Cyanobacteriota | Cyanobacteria (sinice) | Fotosyntetizující bakterie, tvůrci kyslíkové atmosféry, vodní květ – viz Sinice |
| Spirochaetota | Spirochaetes (spirochety) | Treponema (syfilis), Borrelia (borelióza), Leptospira |
| Chlamydiota | Chlamydiae (chlamydie) | Nitrobuněční parazité: Chlamydia trachomatis, C. pneumoniae |
| Mycoplasmatota | Tenericutes | Bakterie bez buněčné stěny: mykoplazmata, fytoplazmy, spiroplazmy |
| Fusobacteriota | Fusobacteria | Fusobacterium – anaeroby ústní dutiny |
| Deinococcota | Deinococcus-Thermus | Deinococcus radiodurans (odolný vůči záření), Thermus aquaticus (Taq polymeráza pro PCR) |
| Chloroflexota | Chloroflexi | Zelené nesirné bakterie, termofilní fotosyntetici |
| Chlorobiota | Chlorobi | Zelené sirné bakterie |
| Acidobacteriota | Acidobacteria | Hojné půdní bakterie, většinou nekultivované |
| Verrucomicrobiota | Verrucomicrobia | Půdní a střevní bakterie (Akkermansia muciniphila) |
| Planctomycetota | Planctomycetes | Vodní bakterie s neobvyklou stavbou buňky, anammox |
| Nitrospirota | Nitrospirae | Nitrifikační bakterie (oxidace dusitanů) |
| Thermotogota | Thermotogae | Hypertermofilní bakterie horkých pramenů |
| Aquificota | Aquificae | Hypertermofilní, jedna z nejstarších linií |
| Fibrobacterota | Fibrobacteres | Rozklad celulózy v bachoru přežvýkavců |
| Gemmatimonadota | Gemmatimonadetes | Půdní bakterie |
| Deferribacterota | Deferribacteres | Anaerobní, redukují železo |
| Chrysiogenota | Chrysiogenetes | Anaerobní, dýchají arseničnany |
| Dictyoglomota | Dictyoglomi | Termofilní anaeroby |
| Thermodesulfobacteriota | Thermodesulfobacteria | Termofilní bakterie redukující sírany |
Kompletní a průběžně aktualizovaný seznam vede databáze LPSN (viz zdroje). Jak se bakterie třídí podle dalších hledisek – barvení, tvaru, nároků na kyslík – shrnuje článek Druhy bakterií.
Bakterie významné pro potravinářský průmysl
- Lactococcus lactis subsp. cremoris a lactis (dříve Streptococcus cremoris) – smetanové a sýrařské kultury, zakysaná smetana, tvaroh, sýry
- Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus a Streptococcus thermophilus – jogurtová kultura
- Lactobacillus acidophilus – acidofilní mléko, probiotické výrobky
- Leuconostoc, Lactiplantibacillus plantarum – kysané zelí, olivy, salámy
- Acetobacter – kvasný ocet; Propionibacterium freudenreichii – „oka“ a chuť ementálu
Bakterie významné v průmyslu a biotechnologii
- Clostridium acetobutylicum – historická výroba acetonu a butanolu kvašením
- Corynebacterium glutamicum – výroba aminokyselin (glutamát, lyzin)
- Bacillus subtilis, B. licheniformis – průmyslové enzymy (proteázy do pracích prášků, amylázy)
- Streptomyces – většina antibiotik; Escherichia coli – rekombinantní bílkoviny včetně inzulinu (viz Bakterie v lékařství)
- Zymomonas mobilis – bioetanol; Cupriavidus necator – biologicky rozložitelné plasty (PHA)
Zdroje
- Oren A., Garrity G. M.: Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2021, doi:10.1099/ijsem.0.005056
- LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature: lpsn.dsmz.de
- Wikipedia (EN): Bacterial phyla